Không chỉ nhiều điểm mới so với chương trình hiện hành mà chương trình mới ở khối THPT còn được đánh giá là có những khác biệt căn bản đối với các cấp học khác. Việc cho phép học sinh được chọn môn học ngay từ lớp 10 theo định hướng nghề nghiệp đang được đánh giá là một bước tiến của chương trình này. Tuy nhiên, khó khăn, lúng túng là điều mà cả học sinh, phụ huynh và thậm chí các trường gặp phải trong năm đầu tiên triển khai. Phải đưa ra lựa chọn môn tổ hợp từ khá sớm mà lại không được thay đổi là bài toán không dễ đối với nhiều học sinh.
