Tuy có nhiều lợi thế giúp mở rộng thị trường xuất khẩu, song các doanh nghiệp Việt Nam tham gia thương mại điện tử xuyên biên giới đang gặp không ít khó khăn, đặc biệt là vấn đề tạo dựng và bảo vệ thương hiệu. Đây đang là vấn đề được đặt ra với các bộ, ngành và mỗi doanh nghiệp trong việc liên kết tạo ra bộ nhận diện thương hiệu chung cho các sản phẩm Make in Việt Nam, để tránh bị lợi dụng hoặc bị đánh cắp.