Tây Ninh có nhiều lợi thế về điều kiện tự nhiên để phát triển nuôi trồng và đánh bắt thủy sản, với công trình thủy lợi hồ Dầu Tiếng, sông Sài Gòn và sông Vàm Cỏ Đông chảy qua địa phận trải dài, cùng hệ thống kênh, rạch chằng chịt. Tuy nhiên những năm gần đây, tình trạng ô nhiễm nguồn nước sông, rạch và hoạt động đánh bắt kiểu tận diệt ngày càng nhiều, khiến nguồn thủy sản tự nhiên bị đe dọa.